میکروسکوپ اینورت یا "Inverted microscope" یک نوع از میکروسکوپ‌هاست که برای مشاهده و بررسی اشیاء کوچک یا نمونه‌های زنده در کشت‌های سلولی و تخمین‌ها استفاده می‌شود. این نوع میکروسکوپ‌ها طراحی خاصی دارند که باعث می‌شود نمونه‌ها روی بالا و یا بر روی لام برشی قرار بگیرند، به عبارت دیگر، ترتیب معمول لام میکروسکوپ‌های اینورت برعکس میکروسکوپ‌های سنتی است.
معمولاً میکروسکوپ‌های اینورت در مطالعه‌های زیست‌شناسی سلولی، علوم زیستی، زیست‌فناوری، و مطالعات مرتبط با بافت‌ها و سلول‌ها مورد استفاده قرار می‌گیرند. این ابزارها امکان مشاهده سلول‌ها و بافت‌ها در محیط‌های زنده را فراهم می‌کنند و برای بررسی فعالیت‌های سلولی و رفتارهای زنده‌ی سلولی بسیار مناسب هستند.
ویژگی‌های مهم میکروسکوپ‌های اینورت:
پایداری نمونه: نمونه‌ها روی بالا و یا بر روی لام‌های برشی قرار می‌گیرند و به وسیله‌ی یک محفظه یا یک کشوی متحرک ثابت می‌شوند تا پایداری و دقت برای مشاهده‌ی طولانی‌مدت ارائه شود.
تصویری واضح: این نوع میکروسکوپ‌ها دارای لنز‌های بزرگی هستند که تصاویر واضح و با کیفیتی از نمونه‌ها ارائه می‌دهند.
قابلیت استفاده از سیستم‌های پردازش تصویر: اکثر میکروسکوپ‌های اینورت امکان اتصال به سیستم‌های کامپیوتری و نرم‌افزارهای پردازش تصویر را دارند که به محققان امکان تحلیل دقیق‌تر و پیشرفته‌تر داده‌ها را می‌دهد.
قابلیت مشاهده‌ی سلول‌ها و بافت‌ها در محیط‌های زنده: میکروسکوپ‌های اینورت اجازه می‌دهند تا سلول‌ها و بافت‌ها در محیط‌های زنده و تحت تغذیه مستقیم مشاهده شوند که در مطالعات زیستی بسیار حیاتی است.
استفاده از میکروسکوپ‌های اینورت به محققان و پژوهشگران این امکان را می‌دهد تا جزئیات دقیق‌تری از سلول‌ها و بافت‌ها را بررسی کرده و به تحقیقات بالینی و پژوهش‌های زیستی موثرتر کمک کنند.